制藥凈化工程設計中的凈化空調系統，其造價、運行能耗較普通空調系統都高很多。因醫藥行業的特殊性，導致醫藥工業廠房中產成品的品質要求往往也非常嚴格。系統設計中容易出現的一些問題，會對其運行的穩定性、經濟性及產品質量產生長期的不利影響。在許多制藥凈化工程設計工程中，發現某些工程在系統設計、設備選型、安裝等方面存在不少問題，在此就這些問題進行分析并提出一些解決方法。

制藥凈化工程的凈化空調系統的特點是送風需經初、中、高能效三個等級過濾，且根據潔凈度級別的不同，送風量應達到相應的換氣次數下限。隨著使用時間的延長，三個等級的過濾器阻力會逐漸增加。一般其阻力值達到初阻力兩倍時，應對過濾器進行清洗或更換。但隨著阻力的增加，系統風量會不斷下降。因而在設計系統風量、風壓時，應滿足系統終阻力下的特別低換氣次數要求。

目前有些凈化空調工程設計的風壓按過濾器初阻力設計，而風量按規范下限選取。這種設計雖然設備容量小、初投資少，凈化空調糸統與舒服空調糸統混用的問題凈化空調系統末端的空氣處理設備是高能效過濾器。而普通舒服或工藝空調進風末端設備是散流器或百葉風口，額定工況下阻力一般小于60Pa。目前，有些工程中在凈化空調系統送風管上分出支管，向非凈化區送風。